O Instituto de Computação possui 2 (dois) cursos de pós-graduação:
Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação – PGCOMP
Estabelecido em 2014, o PGCOMP - Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação da Universidade Federal da Bahia (UFBA), aprovado pela CAPES com o Conceito 4, oferece cursos de Mestrado e Doutorado nas linhas de Pesquisa Computação Aplicada, Engenharia de Software e Sistemas Computacionais. O ingresso no PGCOMP é semestral, seguindo o calendário acadêmico da UFBA.
Programa de Pós-graduação em Mecatrônica - PPGM
O Programa de Pós-Graduação em Mecatrônica da UFBA (PPGM) é um programa proposto e coordenado conjuntamente pela Escola Politécnica e pelo Instituto de Matemática desta Universidade. O programa conta ainda com a colaboração de professores/pesquisadores de outras unidades da própria UFBA e atualmente abriga os cursos de MESTRADO e DOUTORADO em Mecatrônica.