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O DCC oferece programas de pós-graduação stricto sensu em Ciência da Computação e em Mecatrônica (este último juntamente com o Departamento de Engenharia Mecânica da UFBA). Ambos os programas oferecem cursos de mestrado e doutorado fornecendo, portanto, formação completa de pós-graduação nestas duas importantes áreas.

As atividades de pós-graduação stricto sensu no DCC tiveram início em 2003 com a criação e implantação, em parceria com o Departamento de Engenharia Mecânica da UFBA, do Mestrado em Mecatrônica no âmbito do Programa de Pós-graduação em Mecatrônica - PPGM. O projeto para o curso de doutorado em Mecatrônica foi submetido e aprovado em 2011. O início das atividades deste curso se deu em 2012. 

As atividades de pós-graduação stricto sensu em Ciência da Computação se iniciaram em 2007, quando foi criado o Doutorado Multi-institucional em Ciência da Computação - DMCC (http://dmcc.dcc.ufba.br), na forma de associação ampla entre UFBA, UNIFACS e UEFS. Em 2012, UFBA e UEFS associaram-se para criar o Mestrado Multi-institucional em Ciência da Computação - MMCC (http://mmcc.dcc.ufba.br). 

No final de 2013, foi aprovado pela CAPES o Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação – PGCOMP, que começou a funcionar em 2014. Este programa, oferecido apenas pela UFBA, oferece cursos de mestrado e doutorado em Ciência da Computação. Com a aprovação do PGCOMP, os dois programas multi-institucionais em Ciência da Computação dos quais o DCC participa (DMCC e MMCC) deixaram de realizar processo seletivo e funcionarão apenas até que o último aluno matriculado defenda sua tese ou dissertação. Até o final de 2015, 24 teses de doutorado haviam sido defendidas no DMCC e 30 dissertações de mestrado haviam sido defendidas no MMCC. 

Com o término do funcionamento do DMCC e MMCC, o DCC passará a ter apenas dois programas de pós-graduação: PPGM (Mecatrônica) e PGCOMP (Computação). Estes dois programas são os primeiros a oferecer formação completa de pós-graduação (mestrado e doutorado) em suas respectivas áreas no Estado da Bahia.